O nome do cemitério vem do padre jesuíta François de la Chaise (1624–1709), que foi influente confessor do rei Louis XIV durante 34 anos. Essa área foi comprada em 1626 por uma devota, Marie de l'Huillier, e doada aos jesuítas da Maison Professe da rue Saint-Antoine. Depois de 1652, quando Mazarin levou o jovem rei para assistir aos combates entre as forças de Turenne e Condé durante a guerra civil conhecida como Fronde , esse terreno elevado passou a ser chamado Mont Louis.
Os jesuítas foram expulsos da França em 1763 e essa propriedade foi vendida para pagar dívidas dos religiosos. A cidade de Paris comprou a área em 1803, no ano seguinte Napoléon decidiu instalar ali um cemitério e encomendou o projeto ao arquiteto Alexandre-Théodore Brongniart, O imperador gostou do trabalho e em seguida lhe encomendou a obra do palácio da Bolsa de Paris, conhecido com Palais Brogniart.
O novo cemitério foi chamado Cimitière de l’Est Parisien e de início atraiu poucos funerais pois a maioria era encaminhada às necrópoles de Montparnasse, Passy ou Montmarte. Numa operação publicitária foram transferidos para cemitério, com grande pompa, os restos mortais de La Fontaine e de Molière. Anos depois, em 1817, foram transferidos com cerimônias festivas os restos do lendário casal Abelard e Heloise, e seu túmulo foi construído com materiais recuperados na Abadia de Nogent-sur-Seine. Deu certo, em poucos anos o cemitério virou Cult e atingiu a marca de mais de 30 mil corpos sepultados. Atualmente a cifra já ultrapassou os 300 mil. Costuma-se dizer que ali se encontra a maior concentração de celebridades da França.
Com o tempo, a denominação popular acabou se impondo e o cemitério passou a chamar-se Père Lachaise. Em 1871 foi cenário do trágico confronto, durante a Comuna de Paris, entre os últimos defensores do distrito operário de Belleville e as forças militares enviadas de Versailles. Traços e perfurações de balas ainda podem ser vistas em lápides e túmulos. Contra o muro chamado Mur des Fédérés, no dia 28 de maio de 1871, foram covardemente fuzilados 147 communards, como ficaram conhecidos os trabalhadores que participaram da Comuna, e tiveram seus corpos enterrados numa vala comum.
O Père Lachaise é o cemitério mais visitado do mundo. Milhares de pessoas acorrem para ver os túmulos de celebridades como Allan Kardec, Frédéric Chopin, Maria Calas, Eugène Delacroix, Amedeo Modigliani, Ives Montand, Jim Morrison, Marcel Proust, Oscar Wilde e tantos outros.